Nicht, solange Du den Clients keine Spyware beifügst, wie Blizzard das z.B. bei WoW macht. Weil eben diese Tools nix machen, was der User nicht auch selber per Maus/Tastatur machen könnte, nur eben unter Verzicht auf den lästigen User, der derweil ins Kino oder Bett gehen, die Palme wedeln oder Tischtennis spielen kann.
Es ist zwar technisch nicht weiter schwierig, ein Programm zu schreiben, dass den Client-Rechner nach bestimmten laufenden Prozessen durchsucht und bei "Fund" ggf. einfach keinen Heartbeat mehr an einen speziellen Serverprozess liefert (der dann den dazugehörigen Client einfach kickt - wegen Betrieb von 3rd-Party-Programm oder Abwürgen der Schnüffelsoftware). Allerdings ist es nicht ganz trivial, sowas auf dem Laufenden zu halten. Abgesehen davon, dass sich kein denkender Mensch für ein Spiel sowas installieren würde, das sonstwas auf seinem Rechner ausschnüffelt und überträgt, wollte ich eigentlich noch sagen - aber dass es ausreichend Hirntote gibt beweist ja WoW

(kaka, ich weiss, "Ich bin ja anständig, wer nichts Böses tut hat nichts zu verbergen...")
Jedenfalls, serverseitig kannst Du i.d.R. nicht sehen, ob der Client Befehle mit Maus/Tastatur oder von einem Macro-Programm bekommt; die Zeiten in denen man a la Injection, TEOT usw. direkt in den Datenstrom eingriff und diesen auf "unmögliche" Weise veränderte sind ziemlich durch.
Was bleibt sind herkömmliche Anti-Makro-Massnahmen, meist mit zweifelhafter Wirksamkeit: Nag-Requester etwa, die fragen "bist Du da?" und Antwort erwarten. Alternativ ein Gamedesign, dass Makroen unattraktiv macht (gelegentliche Steinschläge beim Minen bringen die Leute wenigstens dazu, in der Nähe des Monitors zu bleiben; eine Begrenzung des Skillgain auf X Punkte/Stunde oder /Tag macht "zusammen spielen" viel interessanter als Makro-Trainieren.
Kommt wohl aber auch auf den Stil des Shards und die Spieler an - "kewl d00dz" weichen i.d.R. auf den nächsten Shard aus, wenn die Luft für Makroen und Cheaten zu dünn wird - musst Du wissen, ob Ihr das wollt.